Στο πλαίσιο του διημέρου Συνεδρίου πραγματοποιήθηκαν δυο κεντρικές ομιλίες και 18 επιστημονικές ανακοινώσεις από Καθηγητές του Ιονίου Πανεπιστημίου, καθώς και από Πανεπιστήμια και Οργανισμούς της Ελλάδας και του εξωτερικού, οι οποίοι ανέλυσαν την μακρόχρονη ιστορία του Ιδρύματος, γύρω από θεματικές ενότητες που κάλυψαν την εκπαιδευτική, την πολιτική και την κοινωνική διάσταση της εκπαίδευσης στα Ιόνια νησιά, την καλλιέργεια των γραμμάτων, των τεχνών και των επιστημών στην Ιόνιο Ακαδημία, καθώς και τα αρχειακά της ίχνη.

Οι εργασίες του Συνεδρίου εγκαινιάστηκαν με τον χαιρετισμό του  Πρύτανη του Ιονίου Πανεπιστημίου, Καθηγητή Ανδρέα Φλώρου, ο οποίος έκανε λόγο για μια ιδιαίτερη διοργάνωση του Πανεπιστημίου, που θεωρεί την υπόστασή του ως έναν άξιο συνεχιστή της Ιονίου Ακαδημίας και επιχειρεί να αναπτυχθεί με όρους καινοτόμους, όπως καινοτόμος υπήρξε 200 χρόνια πριν η ίδια η Ιόνιος Ακαδημία, το πρώτο Πανεπιστήμιο του ελεύθερου ελληνισμού.

Ο Πρύτανης αναφέρθηκε ακόμη στη σύγχρονη εικόνα του Ιονίου Πανεπιστημίου,  με παρουσία σε όλα τα Ιόνια νησιά, το οποίο αριθμεί 12.500 φοιτητές, σε δώδεκα τμήματα και επιχειρεί με βήματα εξωστρέφειας, να αναδείξει τα μοναδικά χαρακτηριστικά του, ως ένας πόλος αριστείας στην περιφέρεια της χώρας, με πολύ στενή σύνδεση με την Περιφέρεια Ιονίων Νήσων.

Στον χαιρετισμό του ο Πρόεδρος της Επιτροπής Εορτασμού των 200 ετών από την ίδρυση της Ιονίου Ακαδημίας, Καθηγητής Ηλίας Γιαρένης, αναφέρθηκε στην υλοποίηση του Συνεδρίου, στο πλαίσιο του οποίου εκλεκτοί επιστήμονες από πολλά πανεπιστήμια, πνευματικά ιδρύματα και φορείς, προσφέρουν νέα γνώση, η οποία έχει προκύψει με κόπο και με θεωρητική και μεθοδολογική αρματωσιά. «Πρόκειται  κατά την αντίληψή μας για μια βασική παράμετρο της λειτουργίας του δημόσιου πανεπιστημίου στο σήμερα και στο αύριο», κατέληξε ο κ. Γιαρένης.

Ακολούθησαν οι δυο κεντρικές ομιλίες του Συνεδρίου, με πρώτη εκείνη του Καθηγητή του Τμήματος Ιστορίας στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο, Κωνσταντίνου Αγγελάκου, με τίτλο: «40 χρόνια Ιόνιο Πανεπιστήμιο: Σταθμοί και πρόσωπα στην εξέλιξη του ιδρύματος». Ο κ. Αγγελάκος τόνισε, μεταξύ άλλων, ότι ως προτεραιότητες του Ιονίου Πανεπιστημίου στη σύγχρονη εποχή και μετά τα 40 χρόνια λειτουργίας του, τίθενται η ερευνητική πρωτοπορία και η έμφαση στην καινοτομία, η εξωστρέφεια, η διεθνής παρουσία και τέλος, η ποιότητα  λειτουργίας του και η διεύρυνση των υποδομών του.

Τη δεύτερη κεντρική ομιλία με τίτλο «Πρόοδος και παλινδρόμηση της Παιδείας στα Ιόνια Νησιά (1799-1864)»  πραγματοποίησε η Ομότιμη Καθηγήτρια του Τμήματος Ιστορίας στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο, Ελένη Αγγελομάτη, η οποία επιχείρησε μια ευρεία ιστορική αναδρομή, με αναφορές σε χρονολογίες – σταθμούς, που προηγήθηκαν της ίδρυσης του Ιονίου Πανεπιστημίου, καθώς και της πρώτης φάσης λειτουργίας του (1824 έως 1864).