Από τη στιγμή που αποφασίστηκε η ίδρυση του Μουσείου το 1966 πέρασαν πέντε χρόνια προετοιμασίας. Η έγκριση ίδρυσής του δόθηκε το 1968. Αμέσως άρχισαν εργασίες διαμόρφωσης του ημιυπόγειου χώρου κάτω από την Κοργιαλένειο Βιβλιοθήκη σε μουσειακό χώρο, με δαπάνη του Ευαγγέλου Τυπάλδου-Μπασιά, ενώ συγχρόνως η ιδρύτρια του Μουσείου, Ελένη Κοσμετάτου, άρχισε με τις συνεργάτιδές της την καταγραφή, την τεκμηρίωση και την κατάταξη των εκθεμάτων.

Εικ. 2. Μερική άποψη της εκκλησιαστικής συλλογής

Τα περισσότερα μουσειακά  αντικείμενα  ήταν εκείνα που είχαν περισυλλεγεί από τα ερείπια των σεισμών, πολλά από τα οποία τα είχε ξεθάψει και είχε αναλάβει τη συντήρησή τους ο ίδιος ο Μαρίνος Κοσμετάτος. Άλλωστε γι’ αυτό τον σκοπό είχε ιδρυθεί το Μουσείο: να προστατευτούν τα σπαράγματα της πολιτισμικής κληρονομιάς που είχαν διασωθεί από τους σεισμούς του 1953.

Το ζεύγος Μαρίνου και Ελένης Κοσμετάτου προσέφεραν επίσης αρκετά αντικείμενα από τις οικογενειακές τους συλλογές, το ίδιο και ο Ευάγγελος Τυπάλδος-Μπασιάς. Σιγά-σιγά άρχισαν και ιδιώτες να εμπιστεύονται στο Μουσείο οικογενειακά τους κειμήλια και αντικείμενα που δεν χρησιμοποιούσαν, μετά από έκκληση του Κοργιαλενείου Διοικητικού Συμβουλίου.  Όταν το Μουσείο άνοιξε για το κοινό αριθμούσε μόνο 518 αντικείμενα. 

Σήμερα, μόνο στις τέσσαρες κύριες συλλογές του (αστική, εκκλησιαστική, νεότερης ιστορίας, λαογραφική) αριθμεί περίπου τρισήμισυ χιλιάδες αντικείμενα. Αν προσθέσουμε τον μεγάλο αριθμό φωτογραφιών του φωτογραφικού του αρχείου, τα έγγραφα και τα αντίγραφα εγγράφων του ιστορικού του αρχείου, τα αντικείμενα της αυτόνομης Συλλογής Στέφανου και Φραγκίσκου Βαλλιάνου, αλλά και της αυτόνομης Συλλογής Χαροκόπου (που παραδόθηκε στην Κοργιαλένειο Βιβλιοθήκη) και της μικρής Συλλογής Σύγχρονης Τέχνης ο αριθμός  των μουσειακών αντικειμένων είναι πολύ μεγαλύτερος.

Αντιλαμβανόμαστε, λοιπόν, ότι το Κοργιαλένειο Μουσείο είναι ένα θησαυροφυλάκιο τεκμηρίων για την ιστορία και τον πολιτισμό μας.