Το Σπήλαιο βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 70 μ. και αποτελεί ένα μικρό και ανοιχτό καρστικό έγκοιλο έκτασης περίπου 90 τ.μ. Περίπου τα 2/3 του χώρου καλύπτονται από ογκόλιθους, αποτέλεσμα της έντονης τεκτονικής δραστηριότητας σε διάφορα στάδια της γεωλογικής ιστορίας του.

Το Αρχαιολογικό Πρόγραμμα Μελέτης των Προϊστορικών Επιχώσεων του Σπηλαίου Δράκαινα ξεκίνησε συστηματικά το 2004 και συνεχίζεται μέχρι σήμερα, υπό την αιγίδα του Υπουργείου Πολιτισμού και της Εφορείας Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας Νοτίου Ελλάδος, υπό τη διεύθυνση της αρχαιολόγου Δρ Γεωργίας Στρατούλη και με τη συμμετοχή πολλών ερευνητών και φοιτητών από Πανεπιστήμια της Ελλάδας και του εξωτερικού. Οι ανασκαφές στα νεολιθικά στρώματα αποκάλυψαν ενδιαφέροντα αρχιτεκτονικά στοιχεία, όπως επάλληλα δάπεδα από ασβεστοκονίαμα που κάλυπταν μεγάλα τμήματα του Σπηλαίου, μια ασυνήθης αν όχι μοναδική πρακτική για νεολιθικά Σπήλαια στην Ελλάδα, και διάφορες εστίες, κατασκευασμένες από κυκλικά τοποθετημένες πέτρες και τριπτά εργαλεία σε δεύτερη χρήση. Η αρχαιολογική έρευνα έφερε στο φως πληθώρα μικρών ευρημάτων και διατροφικών καταλοίπων. Η μελέτη τους σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα αρχαιομετρικών, παλαιοοικολογικών και πετρογραφικών ερευνών, στοχεύει στην ανασύνθεση της βιογραφίας της θέσης και στην κατανόηση της σημασίας του Σπηλαίου για τις νεολιθικές κοινότητες. Το Αρχαιολογικό Πρόγραμμα είχε την υποστήριξη του Υπουργείου Πολιτισμού, του Δήμου Ελειού-Πρόννων Κεφαλληνίας, του Ιδρύματος Ι. Φ. ΚΩΣΤΟΠΟΥΛΟΥ και του Institute for Aegean Prehistory (INSTAP). 

H 18μελής επιστημονική ομάδα μελέτης του αρχαιολογικού υλικού από τις νεολιθικές επιχώσεις του Σπηλαίου προετοιμάζει μεθοδικά τη διεπιστημονική δημοσίευση των αποτελεσμάτων των ανασκαφών σε συλλογικό τόμο.

 πηγή : http://drakainacave.gr