Η χρήση της όμως ενδέχεται να δημιουργεί ανεπιθύμητες παρενέργειες σε όσους πάσχουν από αλλεργίες, στα βρέφη και στα άτομα με εξασθενημένο ανοσοποιητικό σύστημα.

Επιστήμονες των πανεπιστημίων του Καναδά και της Αυστραλίας σε έρευνα που πραγματοποίησαν εντόπισαν  ίχνη  από το DNA βακτηρίων στη σκόνη που είχαν μαζέψει ηλεκτρικές σκούπες.

Σύμφωνα με τους επιστήμονες, η σκόνη που υπάρχει στο εσωτερικό των σπιτιών μπορεί να προκαλέσει μόλυνση από βακτήρια όπως το Clostridium botulinum που προκαλεί αλλαντίαση - μία σπάνια αλλά σοβαρή ασθένεια -που παραλύει τους μυς και έχει συσχετισθεί, μεταξύ άλλων, με το σύνδρομο αιφνιδίου θανάτου των βρεφών.

Στην πράξη η ηλεκτρική σκούπα περνάει πάνω από τα σκονισμένα χαλιά και έπιπλα, μαζεύει τα μόρια των μικροοργανισμών και τα διασπείρει στον αέρα όπως όταν ψεκάζουμε.

Για το λόγο αυτό οι ειδικοί προτείνουν, όσοι έχουν αλλεργίες ή εξασθενημένο ανοσοποιητικό να αποφεύγουν να χρησιμοποιούν την ηλεκτρική σκούπα ή να βρίσκονται στο ίδιο δωμάτιο με όποιον την κάνει - και να ξαναμπαίνουν στα δωμάτια αφού περάσει λίγη ώρα από το καθάρισμα ώστε να κατακαθίσει η σκόνη που θα έχει σηκωθεί.

Επίσης, αν είναι εφικτό, την ώρα του καθαρισμού με την ηλεκτρική σκούπα να παραμένει ένα παράθυρο ή μία μπαλκονόπορτα ανοιχτή ή μισάνοιχτη.