Πολύ συχνό φαινόμενο είναι να ξυπνούν με πονοκέφαλο τα άτομα που πάσχουν από υπνική άπνοια, μια διαταραχή του ύπνου που χαρακτηρίζεται επεισόδια προσωρινή διακοπής της αναπνοής. Η υπνική άπνοια διαγιγνώσκεται με τη βοήθεια ειδικής εξέτασης.

Επιπλέον, ο πονοκέφαλος μπορεί να οφείλεται στο τρίξιμο των δοντιών το οποίο συνεπάγεται σημαντική πίεση της κάτω σιαγόνας και η οποία συμβάλλει στην εκδήλωση του πονοκεφάλου. Ο οδοντίατρος είναι σε θέση να εντοπίσει τα σημάδια που υποδεικνύουν ότι τρίζετε τα δόντια σας ενώ κοιμάστε.
Εκτός όμως από αυτά, ο έντονος πρωινός πονοκέφαλος μπορεί να οφείλεται σε αλλεργία από τα ακάρεα της σκόνης, τα οποία βρίσκονται στο στρώμα και τα κλινοσκεπάσματα.